有机肥料可以增加土壤营养，从而使农作物更好地将其吸收，微生物肥料中最重要的品种之一是根瘤菌肥料，施用后其中的根瘤菌可以进入豆科植物根部，在其根上形成根瘤，生活在根瘤里的根瘤菌类菌体能将空气中的氮分子转化成氨，进而转化成谷氨酸类成为植物能吸收利用的优质氮素，以满足豆科植物对氮元素的需求。磷细菌肥料，一方面通过磷酸酯酶分解土壤中有机磷化物，另一方面通过微生物代谢，产生无机和有机酸溶解无机磷化物。
钾细菌肥料，主要通过有机肥设备钾细菌代谢过程中产生酸性物质，促使含钾的矿物质分解，从而释放钾离子。有机肥设备硅酸盐细菌肥料，在代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，改善土壤中养分的供应情况。vA菌根真菌可与多种植物根系共生，真菌丝可以吸收很多的营养供给植物吸收利用，其中对磷的吸收最明显。此种菌根真菌对在土壤中活动性差、移动缓慢的元素如锌、铜、钙等元素也有加强吸收的作用。
刺激和调控植物生长。微生物肥料在施用后的生长繁殖过程中可以产生对植物有益的代谢产物，如硅酸盐细菌肥料可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生；固氮菌肥料可以分泌维生素B1、维生素B2、维生素B12和吲哚乙酸生长素等，这些生长刺激素对作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
有机肥设备减少或降低植物病虫害。有机肥设备厂家微生物肥料的多种微生物可以诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、苯甲氨酸解氨酶、脂氧合酶、几丁质酶、β一1，3葡聚糖酶等参与植物防御反应，利于防病、抗病。有的微生物种类具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌，使病原微生物难以生长繁殖，从而降低了作物病虫害的发生。
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