在有机肥料生产过程中，畜禽粪便的发酵是原料处理的第一步，也是最重要的一步。粪便发酵就是要达到将粪便进行无害化处理的目的，不仅要去除粪便中的各种病菌、害虫和草籽等，而且将有机物质进行发酵腐熟，这样就不容易滋生病菌与虫害，不会造成烧苗或植物病虫害的发生。
加入发酵菌剂利用微生物的繁殖来促进鸡粪的发酵，这种方式是当下工业化生产模式下发酵比较快的。比起干鸡粪，鲜鸡粪因为水分大发酵效果不好，可以使用鸡粪脱水机先行脱水至合适含水率再进行发酵腐熟。
生产有机肥料，碳氮比是一个重要的数据。发酵鸡粪的碳氮比应保持在25~30:1，酸碱度调到6~8(pH)为宜，因为鸡粪的碳氮比偏高，应在发酵时加入一些秸秆、稻草、蘑菇渣等一起发酵。
鸡粪发酵可采用条垛式发酵或者槽式发酵这两种方式，它们采用的都是好氧发酵的原理。这是因为发酵菌剂是好氧性微生物，所以在发酵过程中应使用堆肥发酵翻堆机定期换氧，做到拌匀、勤翻、通气为宜。否则会因为厌氧发酵影响物料发酵效果。
那么什么情况下开始翻堆操作呢？一般在鸡粪堆积48小时后，温度会升至50~60℃，第三天可达65℃以上，在此高温下翻堆一次。一般情况下，在发酵过程中会出现2~3次65℃以上的高温，翻倒2~3次即可完成发酵，正常一周左右可发酵完成，使物料彻底脱臭、发酵腐熟，灭菌杀虫。
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